Destek kurumu
Süre
Birim
Diyabetik nefropati (DN), tip 2 diyabetes mellituslu (T2DM) bireylerde son dönem böbrek yetmezliğinin en sık nedeni olup, genetik yatkınlıkla çevresel faktörlerin etkileşimi sonucunda gelişen, klinik ve ekonomik yükü yüksek bir mikrovasküler komplikasyondur. Endotelyal nitrik oksit sentazı (eNOS) kodlayan NOS3 geninin intron 4 a/b VNTR polimorfizminin DN’ye duyarlılık ve hastalık şiddeti ile ilişkisine dair literatürde çelişkili sonuçlar bildirilmiştir. Bu projenin amacı, Türk T2DM popülasyonunda eNOS intron 4 a/b VNTR polimorfizmi ile DN’ye yatkınlık ve DN’nin klinikopatolojik özellikleri arasındaki ilişkiyi ortaya koymak ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanarak NOS gen ailesinin (NOS1, NOS2, NOS3) diyabetik nefropatideki transkriptomik değişimini değerlendirmektir. Çalışma, İstinye Üniversitesi’nde yürütülecek olgu–kontrol tasarımında genetik ve biyoinformatik bileşenleri içeren bir araştırmadır. İSÜ Liv Hospital Bahçeşehir Hastanesi’nin nefroloji kliniğinden, DN tanılı 100 T2DM hastası ile yaş ve demografik özellikler açısından eşleştirilmiş, T2DM ve DN’si olmayan 100 sağlıklı kontrolden periferik kan örnekleri ve ayrıntılı klinikopatolojik veriler toplanacaktır. Periferik kandan DNA izolasyonunu takiben, eNOS geninin intron 4 bölgesi özgül primerlerle PCR ile amplifiye edilecek ve ürünler agaroz jel elektroforezine tabi tutularak 4a/4a, 4a/4b ve 4b/4b genotipleri belirlenecektir. Elde edilen genotip verileri DN varlığı, albuminüri evresi, eGFR, kronik böbrek hastalığı evresi ve ek mikrovasküler komplikasyonlar gibi klinikopatolojik parametrelerle karşılaştırılacak; allel ve genotip frekansları SNPStats yazılımı ile, çok değişkenli lojistik ve ordinal lojistik regresyon analizleri ise SPSS v27 ile değerlendirilecektir. Biyoinformatik bileşende, NCBI GEO veritabanından seçilecek böbrek RNA-dizileme veri setlerinde DN’li olgular, nefropatisiz T2DM hastaları ve sağlıklı kontroller arasında NOS1, NOS2 ve NOS3 genlerinin diferansiyel ekspresyonu DESeq2 paketi ile analiz edilecek; anlamlı genler üzerinden clusterProfiler kullanılarak NO biyosentezi, endotel fonksiyonu, oksidatif stres ve inflamasyonla ilişkili GO ve KEGG yolak zenginleştirme analizleri gerçekleştirilecektir. Böylece eNOS intron 4 a/b VNTR polimorfizmi ile NOS gen ailesinin ekspresyon profilinin birlikte ele alındığı, Türk T2DM popülasyonuna özgü ilk bütüncül genetik–transkriptomik veri setinin oluşturulması, DN risk sınıflandırmasının iyileştirilmesine ve gelecekte planlanacak çok merkezli çalışmalara bilimsel zemin hazırlanmasına katkı sağlanması hedeflenmektedir.