Destek kurumu
Süre
Birim
Kanser hastalarında gelişen bakteriyel enfeksiyonlar kemoterapiye bağlı immünsüpresyon, uzun süreli hastane yatışları ve geniş spektrumlu antibiyotik kullanımına bağlı olarak morbidite ve mortalitenin başlıca nedenleri arasındadır. Gastrointestinal sistemin kommensal üyesi olan Escherichia coli (E. coli) bu hasta grubunda idrar yolu enfeksiyonları, bakteremi ve sepsis tablolarında sık izole edilen, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ve karbapenem direnci gibi mekanizmalarla çoklu antibiyotik direnci (multidrug-resistant, MDR) kazanabilen kritik bir patojendir. MDR olan E. coli suşlarının klonal yayılım paternlerinin ve genetik çeşitliliğinin aydınlatılması hem ampirik tedavi stratejilerinin rasyonel biçimde planlanması hem de hastane enfeksiyon kontrol önlemlerinin güçlendirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu araştırmanın amacı farklı malignite tiplerine sahip erişkin kanser hastalarından izole edilen MDR olan E. coli suşlarının RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction) yöntemi ile genotiplendirilmesi ve elde edilen genetik paternlerin klinik ve mikrobiyolojik verilerle ilişkilendirilmesidir. Çalışma kapsamında, klinik mikrobiyoloji laboratuvarına rutin olarak gönderilen çeşitli örneklerden (idrar, kan, yara vb.) izole edilen ve standart antibiyogram sonuçlarına göre en az üç farklı antibiyotik sınıfına dirençli olduğu gösterilen toplam 50 MDR olan E. coli izolatı seçilecektir. Bu izolatlardan bakteriyel genomik DNA ticari kit kullanılarak saflaştırılacak ve M13 primerine dayalı RAPD-PCR ile çoğaltılan DNA ürünleri %2 agaroz jelde elektroforez ile ayrıştırılarak her suş için karakteristik bant profilleri elde edilecektir. Bant varlığı/yokluğuna göre oluşturulacak 0/1 veri matrisi üzerinden Dice benzerlik katsayısı hesaplanarak UPGMA dendrogramı oluşturulacak, ayrıca Principal Coordinates Analysis (PCoA) ile izolatların genetik ilişkileri iki boyutlu düzlemde görselleştirilecektir. Tanımlanan genetik klonlar hastaların malignite tipi, klinik birim/servis, örnek türü ve mevcut antibiyotik direnç profilleri ile istatistiksel olarak ilişkilendirilecek olup analizler RStudio ortamında yürütülecektir. Bu projenin kanser hastalarında MDR olan E. coli enfeksiyonlarının yerel moleküler epidemiyolojisine ilişkin öncü veriler üretmesi ve olası klonal yayılım kümelerinin belirlenmesine katkı sağlaması beklenmektedir. Elde edilecek bulguların enfeksiyon kontrol stratejilerinin ve ampirik tedavi politikalarının gözden geçirilmesine ışık tutabileceği öngörülmektedir.