Destek kurumu
Süre
Birim
Mesane kanseri, dünya genelinde en sık görülen ürolojik malignitelerden biri olup, hastalığın moleküler mekanizmalarının anlaşılması ve yeni biyobelirteçlerin saptanması klinik açıdan büyük önem taşımaktadır. Bu çalışma, demir bağımlı lipid peroksidasyonu ve reaktif oksijen türlerinin birikimiyle karakterize olan ferroptoz hücre ölümü mekanizmasının mesane kanserindeki rolünü, non-kodlayıcı RNA (ncRNA) ağları üzerinden incelemeyi hedeflemektedir. Projenin ön aşamasında yapılan biyoinformatik analizler sonucunda FerrDb, ENCORI ve TargetScan veri tabanları kullanılarak ferroptoz ile ilişkili temel genler (GPX4, SLC7A11, ACSL4, HMOX1, FTH1, TP53, NFE2L2), bu genleri hedefleyen miRNA’lar (miR-27a-3p, miR-153-3p, miR-340-5p, miR-485-5p, miR-18a-5p) ve bu süreci düzenleyen lncRNA’lar (MALAT1, NEAT1, XIST, OIP5-AS1) belirlenerek kapsamlı bir "competing endogenous RNA (ceRNA)" ağı tanımlanmıştır. Deneysel aşamada, T24, UMUC3, RT112 ve RT4 mesane kanseri hücre hatları ile normal ürotelyal hücre hattı SV-HUC-1 kullanılacaktır. Hücrelerde ferroptoz indüksiyonu erastin ile gerçekleştirilecek ve bu sürecin özgüllüğü ferroptoz inhibitörü olan ferrostatin-1 ile doğrulanacaktır. Ferroptoz oluşumu malondialdehit (MDA), reaktif oksijen türleri (ROS) ve hücre içi serbest demir düzeylerinin biyokimyasal ölçümleri ile birlikte, mitokondriyal morfolojik değişikliklerin transmisyon elektron mikroskopisi (TEM) ile incelenmesiyle değerlendirilecektir. Belirlenen lncRNA, miRNA ve mRNA moleküllerinin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile analiz edilirken, protein düzeyleri Western blot yöntemiyle saptanacaktır. Çalışmanın son aşamasında, hücre hatlarından elde edilen moleküler verilerin klinik yansımaları, etik kurul onayı kapsamında temin edilen 65 mesane kanseri hastası ve 65 sağlıklı kontrol bireye ait doku, serum ve idrar örneklerinde RT-qPCR ile analiz edilerek doğrulanacaktır. Elde edilen tüm veriler uygun parametrik veya non-parametrik testler kullanılarak istatistiksel olarak analiz edilecek, gruplar arasındaki farkların p < 0.05 düzeyinde anlamlılığı test edilecektir. Bu bütünleşik yaklaşım ile mesane kanseri patogenezinde ferroptoz ilişkili ncRNA ağlarının rolünün ortaya konulması ve elde edilen verilerin istatistiksel analizler ışığında değerlendirilerek yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip, invaziv olmayan yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi ve bu verilerin erken tanıya yönelik bir tanı kiti prototipine dönüştürülerek literatüre ve biyoteknoloji sektörüne kazandırılması amaçlanmaktadır.