Apigeninin Hepatosellüler Karsinom Hücrelerinde Fbxw7 Aracılı Fetuin-A Düzenlenmesi Ve Apoptoz Üzerine Etkisi
-Tübitak 1002Devam EdiyorULUSAL01.10.2026
Araştırma Görevlisi
İstinye Üniversitesi
Tıp Fakültesi
Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı
0 aktif filtre
Mesane kanseri, dünya genelinde en sık görülen ürolojik malignitelerden biri olup, hastalığın moleküler mekanizmalarının anlaşılması ve yeni biyobelirteçlerin saptanması klinik açıdan büyük önem taşımaktadır. Bu çalışma, demir bağımlı lipid peroksidasyonu ve reaktif oksijen türlerinin birikimiyle karakterize olan ferroptoz hücre ölümü mekanizmasının mesane kanserindeki rolünü, non-kodlayıcı RNA (ncRNA) ağları üzerinden incelemeyi hedeflemektedir. Projenin ön aşamasında yapılan biyoinformatik analizler sonucunda FerrDb, ENCORI ve TargetScan veri tabanları kullanılarak ferroptoz ile ilişkili temel genler (GPX4, SLC7A11, ACSL4, HMOX1, FTH1, TP53, NFE2L2), bu genleri hedefleyen miRNA’lar (miR-27a-3p, miR-153-3p, miR-340-5p, miR-485-5p, miR-18a-5p) ve bu süreci düzenleyen lncRNA’lar (MALAT1, NEAT1, XIST, OIP5-AS1) belirlenerek kapsamlı bir "competing endogenous RNA (ceRNA)" ağı tanımlanmıştır. Deneysel aşamada, T24, UMUC3, RT112 ve RT4 mesane kanseri hücre hatları ile normal ürotelyal hücre hattı SV-HUC-1 kullanılacaktır. Hücrelerde ferroptoz indüksiyonu erastin ile gerçekleştirilecek ve bu sürecin özgüllüğü ferroptoz inhibitörü olan ferrostatin-1 ile doğrulanacaktır. Ferroptoz oluşumu malondialdehit (MDA), reaktif oksijen türleri (ROS) ve hücre içi serbest demir düzeylerinin biyokimyasal ölçümleri ile birlikte, mitokondriyal morfolojik değişikliklerin transmisyon elektron mikroskopisi (TEM) ile incelenmesiyle değerlendirilecektir. Belirlenen lncRNA, miRNA ve mRNA moleküllerinin ekspresyon düzeyleri RT-qPCR ile analiz edilirken, protein düzeyleri Western blot yöntemiyle saptanacaktır. Çalışmanın son aşamasında, hücre hatlarından elde edilen moleküler verilerin klinik yansımaları, etik kurul onayı kapsamında temin edilen 65 mesane kanseri hastası ve 65 sağlıklı kontrol bireye ait doku, serum ve idrar örneklerinde RT-qPCR ile analiz edilerek doğrulanacaktır. Elde edilen tüm veriler uygun parametrik veya non-parametrik testler kullanılarak istatistiksel olarak analiz edilecek, gruplar arasındaki farkların p < 0.05 düzeyinde anlamlılığı test edilecektir. Bu bütünleşik yaklaşım ile mesane kanseri patogenezinde ferroptoz ilişkili ncRNA ağlarının rolünün ortaya konulması ve elde edilen verilerin istatistiksel analizler ışığında değerlendirilerek yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip, invaziv olmayan yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi ve bu verilerin erken tanıya yönelik bir tanı kiti prototipine dönüştürülerek literatüre ve biyoteknoloji sektörüne kazandırılması amaçlanmaktadır.
Projede Prunus laurocerasus (Laz Kirazı) meyvesinden elde edilecek ekstraktın dekstran sodyum sülfat (DSS) ile indüklenen deneysel kolit modelinde terapötik etkinliği araştırılacaktır. Meyve kısmı liyofilize edildikten sonra ekstrakte edilecek, fenolik bileşen profili karakterize edilecek ve toplam fenolik içerik ile antioksidan kapasite belirlenecektir. C57BL/6 farelerde oluşturulacak akut kolit modelinde ekstrakt iki farklı dozda uygulanarak Mesalazin ile karşılaştırılacaktır. Hastalık aktivite indeksi, kolon uzunluğu, histopatolojik değerlendirme (H&E, PAS), inflamatuvar belirteçler (MPO, TNF-α, IL-1β, IL-6, IL-10), oksidatif stres parametreleri (MDA, GSH, SOD/CAT) ve Nrf2/HO-1 yolağı göstergeleri analiz edilecektir. Ekstraktın sistemik güvenliğine ilişkin ön veriler serum ALT, AST ve Kreatinin ölçümleriyle elde edilecektir. Proje, yerel bir biyoçeşitlilik kaynağının anti-inflamatuvar ve antioksidan potansiyelinin değerlendirilmesini ve fitoterapötik ürün adayı olarak incelenmesine zemin hazırlayacak niteliktedir.
Mesane kanseri, özellikle kasa invaziv olgularda sisplatin temelli kemoterapiye rağmen gelişen kemodirenç nedeniyle önemli bir klinik sorun oluşturmaktadır. Bu projede, sisplatine direnç geliştirmiş mesane kanseri hücrelerinde NAD+ kurtarma yolağının hız kısıtlayıcı enzimi olan NAMPT’nin, spesifik inhibitörü FK866 ile baskılanmasının ferroptoz duyarlılığı üzerindeki etkilerinin araştırılması amaçlanmaktadır. Bu kapsamda ilk olarak T24 insan mesane kanseri hücre hattında sisplatin dirençli bir alt hat oluşturulacaktır. Ardından parental T24, sisplatin dirençli T24R ve normal ürotelyal kontrol hücre hattı SV-HUC-1’de FK866’nın ferroptoz duyarlılığı üzerindeki etkileri karşılaştırmalı olarak değerlendirilecektir. Hücre canlılığı, proliferasyon, koloni oluşumu, NAD+/NADPH düzeyleri, lipid peroksidasyonu, ROS birikimi, hücre içi Fe2+ düzeyi ve Ferrostatin-1 ile geri döndürülebilirlik gibi biyokimyasal ve fonksiyonel parametreler incelenecek; ayrıca transmisyon elektron mikroskopisi ile ferroptoz ile uyumlu ultrastrüktürel değişiklikler morfolojik olarak değerlendirilecektir. Bunun yanında, FK866 uygulamasının indüklediği genom çapındaki ekspresyon değişimlerini belirlemek amacıyla RNA-seq analizi yapılacak ve RNA-seq bulguları doğrultusunda, istatistiksel ve biyolojik açıdan en güçlü adaylar arasından seçilecek mRNA ve lncRNA’lar RT-qPCR ile, ilgili protein karşılıkları ise Western blot analizi ile doğrulanacaktır. Proje sonunda, sisplatin dirençli mesane kanserinde NAMPT inhibisyonunun ferroptoz aracılı hücre ölümü üzerindeki rolünün moleküler, biyokimyasal, morfolojik ve transkriptomik düzeyde ortaya konması ve bu eksenin yeni bir terapötik yaklaşım olarak değerlendirilmesine katkı sağlanması hedeflenmektedir.
Artesunat Bileşiğinin HuCCT-1 Hücrelerinde NCOA4 Aracılı Ferritinofajiye Etkisinin Araştırılması