Farelerde Hederageninin Pentilentetrozol (Ptz) Ile Oluşturulan Epileptik Nöbetler Ve Nöbet Sonrası Oluşan Oksidatif Stres Kaynaklı Nöronal Hasarlanma Üzerine Etkisinin İncelenmesi
-Tübitak 1002Devam EdiyorULUSAL15.09.2026
Doctor Faculty Member
İstinye Üniversitesi
Faculty of Medicine
Department of Histology and Embryology (English)
0 active filters
Kanser hastalarında gelişen bakteriyel enfeksiyonlar kemoterapiye bağlı immünsüpresyon, uzun süreli hastane yatışları ve geniş spektrumlu antibiyotik kullanımına bağlı olarak morbidite ve mortalitenin başlıca nedenleri arasındadır. Gastrointestinal sistemin kommensal üyesi olan Escherichia coli (E. coli) bu hasta grubunda idrar yolu enfeksiyonları, bakteremi ve sepsis tablolarında sık izole edilen, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz ve karbapenem direnci gibi mekanizmalarla çoklu antibiyotik direnci (multidrug-resistant, MDR) kazanabilen kritik bir patojendir. MDR olan E. coli suşlarının klonal yayılım paternlerinin ve genetik çeşitliliğinin aydınlatılması hem ampirik tedavi stratejilerinin rasyonel biçimde planlanması hem de hastane enfeksiyon kontrol önlemlerinin güçlendirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu araştırmanın amacı farklı malignite tiplerine sahip erişkin kanser hastalarından izole edilen MDR olan E. coli suşlarının RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphic DNA-Polymerase Chain Reaction) yöntemi ile genotiplendirilmesi ve elde edilen genetik paternlerin klinik ve mikrobiyolojik verilerle ilişkilendirilmesidir. Çalışma kapsamında, klinik mikrobiyoloji laboratuvarına rutin olarak gönderilen çeşitli örneklerden (idrar, kan, yara vb.) izole edilen ve standart antibiyogram sonuçlarına göre en az üç farklı antibiyotik sınıfına dirençli olduğu gösterilen toplam 50 MDR olan E. coli izolatı seçilecektir. Bu izolatlardan bakteriyel genomik DNA ticari kit kullanılarak saflaştırılacak ve M13 primerine dayalı RAPD-PCR ile çoğaltılan DNA ürünleri %2 agaroz jelde elektroforez ile ayrıştırılarak her suş için karakteristik bant profilleri elde edilecektir. Bant varlığı/yokluğuna göre oluşturulacak 0/1 veri matrisi üzerinden Dice benzerlik katsayısı hesaplanarak UPGMA dendrogramı oluşturulacak, ayrıca Principal Coordinates Analysis (PCoA) ile izolatların genetik ilişkileri iki boyutlu düzlemde görselleştirilecektir. Tanımlanan genetik klonlar hastaların malignite tipi, klinik birim/servis, örnek türü ve mevcut antibiyotik direnç profilleri ile istatistiksel olarak ilişkilendirilecek olup analizler RStudio ortamında yürütülecektir. Bu projenin kanser hastalarında MDR olan E. coli enfeksiyonlarının yerel moleküler epidemiyolojisine ilişkin öncü veriler üretmesi ve olası klonal yayılım kümelerinin belirlenmesine katkı sağlaması beklenmektedir. Elde edilecek bulguların enfeksiyon kontrol stratejilerinin ve ampirik tedavi politikalarının gözden geçirilmesine ışık tutabileceği öngörülmektedir.
Mesane kanseri (MK) özellikle erkeklerde sık görülen ve nüks/progresyon eğilimi yüksek bir tümör olup tanı ve izlemde altın standart olan sistoskopi invaziv oluşu ve sık tekrar gerektirmesi nedeniyle hasta üzerinde önemli bir yük oluşturmaktadır. İdrara dökülen tümör hücrelerinden elde edilen nükleik asitler non-invaziv moleküler biyobelirteç araştırmaları için cazip bir kaynak sunmaktadır. Rastgele amplifiye edilmiş polimorfik DNA (RAPD)-PCR teknikleri, tümöre özgü genomik instabiliteyi bant paternleri şeklinde yansıtan genetik “fingerprint” profilleri elde etmeye olanak tanımakta, ancak bu yaklaşımın mesane kanserinde kullanımı sınırlı sayıdaki çalışmayla kısıtlı kalmaktadır. Sunulan projenin temel amacı, MK’lı ve sağlıklı olgulara ait idrar sedimentlerinden elde edilen RAPD-PCR tabanlı DNA fragmentasyon paternlerinin MK tanısında ve kasa invazyon durumunun (non-kasa invaziv mesane kanseri, NMIBC; kasa invaziv mesane kanseri, MIBC) öngörülmesinde kullanılabilirliğini araştırmaktır. Histopatolojik tanıları bilinen 30 NMIBC, 20 MIBC ve 20 sağlıklı kontrol olgusuna ait idrar sedimentlerinden ticari kit kullanılarak genomik DNA izole edilecektir. Tek bir GC-zengin RAPD primeri (Bio-A09) ile gerçekleştirilecek RAPD-PCR’ın ürünleri agaroz jel elektroforezinde analiz edilerek bant profilleri jel dokümantasyon sistemi ile dijital olarak kaydedilecektir. Jel görüntülerinden elde edilen bantlar 0/1 (var/yok) mantığıyla skorlanarak tüm örnekleri içeren bir veri matrisi oluşturulacaktır. Dice benzerlik katsayısı, UPGMA temelli dendrogram ve PCoA/MDS analizleri ile gruplar arasındaki genetik benzerlik ve farklılıklar RStudio ortamında nicel olarak ortaya konacaktır. Aynı 0/1 bant matrisi ve jel görüntüleri, kişisel verilerden arındırılmış şekilde dört farklı üretken yapay zeka modeline (ChatGPT, DeepSeek, Gemini, Copilot) sunulacak, modellerden “sağlıklı vs. mesane kanseri” ve “NMIBC vs. MIBC” ayrımına yönelik sınıflandırma yapmaları ve ayırt edici bant paternlerini tanımlamaları istenecektir. Üretken yapay zeka modellerinin çıktıları gerçek tanılarla karşılaştırılarak duyarlılık, özgüllük, doğruluk ve ROC-AUC gibi performans ölçütleri hesaplanacak ve klasik istatistiksel sonuçlarla kıyaslanacaktır. Böylece idrara dökülen hücrelerden elde edilen RAPD profillerinin MK’da non-invaziv biyobelirteç adayı olarak potansiyeli ile farklı üretken yapay zeka araçlarının bu tür moleküler verileri yorumlama kapasitesi hakkında öncü veriler elde edilmesi ve gelecekte geliştirilebilecek üretken yapay zekâ destekli karar sistemlerine zemin hazırlanması beklenmektedir.
Skuamöz hücreli penis karsinomları (PSHK), nadir görülmekle birlikte özellikle gelişmekte olan ülkelerde önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. PSHK’de prognoz esas olarak TNM evresi, histolojik grade ve lenf nodu tutulumu gibi klasik klinikopatolojik parametrelere göre belirlenmekte, ancak aynı evre ve grade’e sahip hastalar arasında dahi belirgin sağkalım farklılıkları görülebilmektedir. Bu durum, moleküler biyobelirteçlerin risk sınıflamasına entegre edilmesine duyulan ihtiyacı ortaya koymaktadır. p53 ve p16 (INK4a) yolaklarının PSHK patogenezindeki rolleri literatürde giderek daha fazla vurgulanmakla birlikte, bu belirteçlerin birlikte değerlendirildiği, standardize immünohistokimyasal skorlamaya ve transkriptomik doğrulamaya dayalı çalışmalar sınırlıdır. Bu proje, söz konusu bilgiyi genişletmeyi ve ülkemizden iyi tanımlanmış bir kohortla literatüre katkı sunmayı amaçlamaktadır.Çalışma patoloji kliniği arşivinden seçilecek 50 PSHK olgusuna ait parafine gömülü tümör dokuları üzerinde yürütülecek retrospektif bir tasarıma sahiptir. p53 ve p16 (INK4a) immün ifadeleri standart immünohistokimya protokolü kullanılarak araştırılacak ve patoloji uzmanı tarafından histoskorlama yapılarak değerlendirilecektir. Elde edilen skorlar; histolojik alt tip, T ve N evresi, grade, lenfovasküler/perinöral invazyon, cerrahi sınır durumu ve uygun olduğunda sağkalım gibi klinikopatolojik verilerle istatistiksel olarak ilişkilendirilecektir. Ek olarak, halka açık RNA-seq/mikrodizi veri setleri RStudio ortamında analiz edilerek TP53 ve INK4 gen ailesinin ekspresyon profilleri, ilişkili biyolojik yolaklar ve olası PSHK’ye özgü moleküler imzalar araştırılacaktır. Beklenen çıktılar arasında, p53 ve p16 (INK4a)’nın PSHK’de bağımsız veya kombine prognostik belirteçler olarak kullanılabilirliğine ilişkin yeni kanıtlar, TP53/INK4 eksenine ait aday moleküler imzaların tanımlanması ve en az bir ulusal hakemli dergi makalesi ile bilimsel kongre sunumu yer almaktadır. Uzun vadede, elde edilecek bulguların PSHK’de risk sınıflamasının iyileştirilmesine, tedavi stratejilerinin bireyselleştirilmesine ve daha geniş ölçekli prospektif çok merkezli çalışmalara zemin hazırlaması beklenmektedir.
Diyabetik nefropati (DN), tip 2 diyabetes mellituslu (T2DM) bireylerde son dönem böbrek yetmezliğinin en sık nedeni olup, genetik yatkınlıkla çevresel faktörlerin etkileşimi sonucunda gelişen, klinik ve ekonomik yükü yüksek bir mikrovasküler komplikasyondur. Endotelyal nitrik oksit sentazı (eNOS) kodlayan NOS3 geninin intron 4 a/b VNTR polimorfizminin DN’ye duyarlılık ve hastalık şiddeti ile ilişkisine dair literatürde çelişkili sonuçlar bildirilmiştir. Bu projenin amacı, Türk T2DM popülasyonunda eNOS intron 4 a/b VNTR polimorfizmi ile DN’ye yatkınlık ve DN’nin klinikopatolojik özellikleri arasındaki ilişkiyi ortaya koymak ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanarak NOS gen ailesinin (NOS1, NOS2, NOS3) diyabetik nefropatideki transkriptomik değişimini değerlendirmektir. Çalışma, İstinye Üniversitesi’nde yürütülecek olgu–kontrol tasarımında genetik ve biyoinformatik bileşenleri içeren bir araştırmadır. İSÜ Liv Hospital Bahçeşehir Hastanesi’nin nefroloji kliniğinden, DN tanılı 100 T2DM hastası ile yaş ve demografik özellikler açısından eşleştirilmiş, T2DM ve DN’si olmayan 100 sağlıklı kontrolden periferik kan örnekleri ve ayrıntılı klinikopatolojik veriler toplanacaktır. Periferik kandan DNA izolasyonunu takiben, eNOS geninin intron 4 bölgesi özgül primerlerle PCR ile amplifiye edilecek ve ürünler agaroz jel elektroforezine tabi tutularak 4a/4a, 4a/4b ve 4b/4b genotipleri belirlenecektir. Elde edilen genotip verileri DN varlığı, albuminüri evresi, eGFR, kronik böbrek hastalığı evresi ve ek mikrovasküler komplikasyonlar gibi klinikopatolojik parametrelerle karşılaştırılacak; allel ve genotip frekansları SNPStats yazılımı ile, çok değişkenli lojistik ve ordinal lojistik regresyon analizleri ise SPSS v27 ile değerlendirilecektir. Biyoinformatik bileşende, NCBI GEO veritabanından seçilecek böbrek RNA-dizileme veri setlerinde DN’li olgular, nefropatisiz T2DM hastaları ve sağlıklı kontroller arasında NOS1, NOS2 ve NOS3 genlerinin diferansiyel ekspresyonu DESeq2 paketi ile analiz edilecek; anlamlı genler üzerinden clusterProfiler kullanılarak NO biyosentezi, endotel fonksiyonu, oksidatif stres ve inflamasyonla ilişkili GO ve KEGG yolak zenginleştirme analizleri gerçekleştirilecektir. Böylece eNOS intron 4 a/b VNTR polimorfizmi ile NOS gen ailesinin ekspresyon profilinin birlikte ele alındığı, Türk T2DM popülasyonuna özgü ilk bütüncül genetik–transkriptomik veri setinin oluşturulması, DN risk sınıflandırmasının iyileştirilmesine ve gelecekte planlanacak çok merkezli çalışmalara bilimsel zemin hazırlanmasına katkı sağlanması hedeflenmektedir.
Caenorhabditis elegans (C. elegans) özellikle yaşlanma ve stres çalışmalarında kullanılır. Genetik haritasının %100 tanımlanmış olması ve yaşam döngülerinin kısa olması nedeniyle sıkça tercih edilen bir deney hayvanıdır. Ancak, şeffaf bir hayvan olması nedeniyle dış etkenlerden özellikle laboratuvar ortamının ışık şiddetinden ve sıcaklığından etkilenir. Hatta ortamın sıcaklığı cinsiyetin belirlenmesine de etki eder. Bu nematodlar doğası gereği aydınlık ortamdan kaçma, karanlık ortamda güven altında olma gibi ilkel davranışlar sergilerler. Literatüre göre, birim alandaki ışık miktarı artıkça (µW/mm2) ortalama yaşam süreleri önemli derecede azalmaktadır. Bunun nedeni, aydınlık ortamda avcılara açık hedef olması, karanlık ortamda kendilerini güvende hissetmeleri olabilir. Sonuç olarak, ışık C. eleganslar için bir stres faktörüdür. Farklı ışık renkleri veya aydınlanmadaki süreler aynı sonucu mu vermektedir? Literatür, kırmızı (675 nm) ve mavi (470 nm) ışığın C. elegansın yaşam süresini kısaltabileceğini iddia etmektedir. Çalışmamızda, aydınlık ve karanlık ortamdaki C. elegans davranışlarına ek olarak kırmızı, mavi ve yeşil ışık ortamı da ele alınacaktır. Ayrıca, literatürde olmayan yanıp/sönen ışık kaynağı da araştırılacaktır. Biz çalışmamızda, literatürde var olan yaşam sürelerine ek olarak farklı ışık sürelerinin ve renklerinin kısa süreli hafızaya olan etkisini araştıracağız. Böylelikle bu çalışmadan elde edilecek veriler bilişsel, öğrenme veya hafıza gibi çalışmalarının gerçekleştirileceği C. elegans laboratuvarların hazırlanma sürecine, standardizasyonuna katkı sağlayacaktır.